Mặc dù dự án xây dựng BTTNVN đã được Thủ tướng Chính phủ Việt Nam thông qua vào năm 2002, theo đó bảo tàng sẽ được cấp một mảnh đất chừng 10 - 15ha để triển khai xây dựng[4]. Tuy nhiên từ đó đến nay, vì nhiều lý do khác nhau, Hà Nội đã 4 lần thay đổi nơi cấp đất cho bảo tàng. Đến cuối năm 2009, Bảo tàng vẫn chỉ có 1 trụ sở 300 m2 và 800 m2 "mượn" từ Viện Khoa học Công nghệ Việt Nam[4].. Do đó việc thực hiện được những nhiệm vụ trên vẫn còn rất xa vời. Hiện nay, Bảo tàng có khoảng 1.000 mẫu động vật quý hiếm, 300 thanh ngà voi, 20 sừng tê giác, hơn 20 cân vỏ đồi mồi..[4].